归元寺位于归元寺路。始建于清顺治十五年（1658年），其前身为葵园，园主是汉阳人王章圃。后由居士孙耀先等购得葵园并捐作丛林，白光、主峰为开山祖师。归元寺名源出《易经》，元者善之长也，乾元资始，坤元资生，而易行乎其间，此万法归一。另据《楞严经》中有“归元性无二，方便有多门”之说。
从清顺冶十五年（1658年）至道光二十六年（1846年）间，寺内先后建普同塔院、禅堂、大雄宝殿、斋堂、戒堂、韦陀殿、藏经阁、天王殿等。咸丰二年（1852年），归元寺遭兵燹。同治、光绪年间逐渐修复。辛亥革命阳夏保卫战中，归元寺绝大多数建筑毁于战火。民国三年（1914年）重建大雄宝殿，翌年落成，北洋政府总统黎元洪亲书“归元古刹”、“胜大宏阔”以示祝贺。后相继修复藏经阁、念佛堂及其他建筑。
1952—1953年，武汉市人民政府拨款对归元寺进行维修。1954年特大洪水，归元寺因保护措施得力得以保全。1955年再次维修归元寺，修葺方丈室，改造圆照堂，新修翠微亭。1956年11月，归元寺被湖北省人民政府列为重点文物保护单位。
“文化大革命”初期，一些“造反”组织强占归元寺为活动据点，危及寺庙安全。留守寺庙的监院昌明上书国务院总理周恩来，周总理批示明令保护名胜古迹，归元寺得以保持完好无损。1973年，武汉市对归元寺进行全面维修并交僧人管理。1977年6月21日，归元寺重新对外开放。1983年，归元寺被国务院列为全国重点寺庙。
20世纪90年代中期至2000年9月，寺庙内的大雄宝殿、藏经阁、罗汉堂等建筑得到全面维修。2000年，归元寺占地46900平方米，建筑面积2万平方米，殿堂寮舍200余间。2002年，归元寺获国家旅游局颁发的首批国家4A级旅游景点匾牌。21世纪初，寺庙新增面积7.83公顷。
