当李自成沉缅于推翻明朝胜利喜悦的时候，崛起于东北的满洲政权——清，乘机大举挥兵入关。清军很快攻占北京，并迁都于北京。在汉族人民抗击清军的过程中，明朝兵部尚书史可法表现出了不屈不挠的斗争精神和大无畏的爱国情怀，堪称一代名将。史可法，祥符（今开封市）人，崇祯初入仕，累迁员外郎、郎中、右参议、右佥都御史、漕运总督、兵部尚书等职。史可法治军严柔相济、廉洁有法，与部下同甘苦。1644年北京陷落后，他与张煌言等在南京拥立福王朱由崧为帝。史可法率兵驻守淮安、扬州。为经略中原，他遣官屯田开封、移兵宿迁要冲。清军主帅多尔衮先后5次致书劝降，他连一封信都没拆看。清军南下取山东、河北、河南，逼进淮南，史可法移军泗州继续抵抗。因盱眙兵降清，泗州援军全军复没，他又夜奔扬州。清军重兵围困扬州，史可法誓死不降，自守西门险要。清兵攻入城中，大肆屠杀无辜，史可法自杀未死为清军俘虏，英勇不屈，凛然就义。
清军在镇压农民义军和南方抗清力量后，开始向边疆发展，经康熙、雍正、乾隆3朝，统一全国，建立了空前强大的封建王朝。经过明末农民义军对大批官僚、贵戚、地主、豪绅的打击和镇压，河南地区许多原本无地的佃农获得了土地，成为自耕农。清政府把这些土地叫“更名田”，承认属于农民所有，并宣布以明代一条鞭法征派赋役，免除一切杂派和“三饷”。这些措施在河南虽没得到很好执行，但对于缓和阶级矛盾、民族矛盾，促进农业生产的发展和社会生活的稳定起到了一定作用。康熙的治河措施，给河南人民带来一定的福祉。由于多年失修，黄河下游堵塞，黄淮合流，“北岸民田皆成区浸”，南面的淮阳7州县“一片汪洋”。康熙帝以靳辅为河道总督，采取疏导和筑堤的办法，经过10年时间，动用上千万民工，终于使“淮黄故道，次第修复，而漕运大通。”淹没之地变成良田，黄淮一带在较长时期内减少了河患，农业生产有了基本保证。从康熙到乾隆，河南地区社会经济从恢复走向发展，康熙时河南耕地面积比顺治时增加了约200余万顷。
清朝最高统治者吸取明亡教训，对河南在全国的重要地位有了更深的认识。他们视河南为关系社稷安危的“腹心”之地，大大加强了对河南的控制。开封作为河南的政治经济中心，受到清政府的重视。特设的河道总督也驻守开封。朱仙镇因地控贾鲁河水运咽喉而发展成为与汉口、景德、佛山齐名的全国四大名镇之一，人口达到20多万。但清代河南社会经济的发展水平远远不及其他先进省份，越来越落后于江南和北方发达地区。
明末清初长达半个世纪的战争，破坏了中原地区的经济。清政府实行了奖励垦荒、组织屯田和兴修水利等一系列政策，以促进农业生产的恢复。清代，玉米、白薯引种河南，水稻种植有所恢复，棉花种植更为普遍，相当一部分棉花作为商品投入市场，进入长途贸易；其他经济作物如烟草、芝麻、青靛、花生等的种植也有所扩大。两年三熟制面积增加，一年两熟制逐渐推行。同时人口也急剧增加，清前期，河南人口一般占全国人口的7%左右，康熙四年（1685年）河南人口为143万，乾隆十四年（1749年）为1280多万，到乾隆三十二年（1767年）达到1650多万，道光十至十九年（1830～1839年）河南平均人口为2368万，占全国十年平均人口的5.8%。手工业方面，棉纺织业进一步发展，并在一些地方形成棉布集中生产点，如正阳、孟津、辉县道，所产棉布大量外销，但全省大部分纺织业还是以自给自足为主，是从属于小农业的家庭手工业。采煤业继续发展，宜阳、新安、沁阳、济源等县都有小煤矿开采，巩县的小煤窑更是“千百为群”。河南仍是北方重要的冶铁区。虽然由于兵祸商业不振，但农副产品商品量逐渐增多，棉布、丝、麻、烟运销省外。清朝中叶形成了一些著名的集镇，如朱仙镇、赊旗镇、荆紫镇、道口镇。河南的棉花、粮食等分别贩运至江南和山东等地，福建武夷茶由江西转河南运销关外，初步形成了较固定的商业批发网络，贩运商、收购商、销售商等成为农村商品经济的支配力量。
到清代中期，河南地区的封建经济处于缓慢发展状态，仍占据社会经济的主导支配地位；商品经济萌芽但发展缓慢。农业耕作工具基本上没有多大改进，广种薄收，劳动生产率只有江南的一半；地租形态仍以实物为主；加之蓄奴风盛行，致使河南农业与发达地区的差距拉大。手工业方面，河南在全国的地位和影响日益下降，尽管河南矿藏丰富，但在清代全国1109个较大矿厂中，河南仅占2个。商业的发展主要体现在商品经济的发展上。明代以安徽籍商人为着，清代则以山西、陕西籍为主体。作为商人组织形式的会馆，河南商人在清康熙年间才结成这样的组织。在全国林林总总的商人帮会中，河南的怀帮虽有一定名气，但也是“俭朴为多，或劳苦同于农工”，以坚韧耐劳、苦力经营才出名。清代全省有91州县，按州县数计算约84%的地方耻于商贾，不习经商，甚至害怕经商。明代曾经好商贾的偃师、郏县、商丘等地人，到清代也转而弃商务农。由此不难看出，河南地区商品经济观念淡薄是有其深远历史渊源的，这也是近代以后制约河南发展的一大症结。
从总体上看，1840年前的河南经济结构，仍是自给自足的小农经济结构。虽然商品经济有一定程度的发展，但农业和手工业发展缓慢，产品生产能力小，进入市场流通的商品量更少。除少数地处水陆交通枢纽的新兴商业城镇外，河南的商品交换格局还局限于地方小市场，而且这种交换主要是维持自给自足的简单再生产，是自然经济的补充和延伸。
清代中前期，河南的科技文化逐渐落后，处于全国先进地位的成果和杰出人物远不及先进省区。
清朝中期，河南仪封（今兰考）人张伯行政绩卓著、著述富赡，成为全国注目的政治人物。张伯行，康熙进士，历任江苏按察使、福建巡抚、江苏巡抚、礼部尚书等职，他居官清廉，体恤民苦，曾多次奏请减免赋税、赈济灾荒。卒后赠太子太保衔，谥号清略。入仕前，他曾博览儒家典籍，精研程朱学说，口诵手抄7年。平生主要著述有《正谊堂文集》12卷、《道统录》2卷、《道南源委》6卷、《困学录集粹》8卷、《小学集解》6卷、《小学衍义》86卷、《居汴一得》8卷、《续近思录》14卷、《广近思录》14卷、《学规类编》27卷、《性理正宗》40卷、《濂洛风雅》9卷、《濂洛关闽书》19卷、《二程语录》18卷、《唐宋八大家文选》19卷等。
固始人吴其浚，嘉庆进士，自翰林院修撰官至封疆督抚。他任官各地，游历颇广。所到之处，留意当地物产丰瘠与民生的关系，依据耳闻目见，并辑录古籍中有关植物文献，绘图列说，着成《植物名实图考》，记载植物1714种，附图1800余幅。这是中国第一部以植物命名的植物学专着，也是收载植物最多的区域植物志，比《本草纲目》还多500余种，把中国传统的植物学发展到了高峰，为中国近代植物分类学的建立提供了重要的历史借鉴。
河南地区的医学取得一定发展，出现了一批名医，有善针法的长葛人李守先、善治杂病的渑池人张朝震、擅儿科推拿的息县人夏集云、治阴疽有奇效的宁陵人李道舟以及洛阳平氏的郭氏正骨等。清初，百泉、归德（今商丘）、马山口（今内乡县辖）、禹州四大药材集散地已形成一定规模，全国药商结帮而至，药材贸易兴旺，上蔡县的竹杆散眼药、安阳的姚家膏药、临汝的四知堂药酒、禹州的九元阿胶、郑州的肥儿丸相继问世，行销全国。
另外，孟津王铎的书法在清初影响很大，其行草浑雄恣肆，一时独步书坛。商丘人宋荦是清代学宋诗派的代表人物，成就称最派中。…
