研究过程中仍不断产生疑问和谜团。“马鹿洞人”究竟是谁?他们为什么从旧石器时代一直繁衍到现代人类的时代?为什么他们只出现在中国的西南部?吉学平推测，“马鹿洞人”可能是各路人类种群进化得比较慢的一支，这与中国西南地区独特的地理环境相关——云南地处青藏高原的东南缘，低纬度、高海拔，盆地多、洞穴多，气候比较温暖，热带、亚热带气候使得“马鹿洞人”比较轻松地度过了冰期，因此也以较慢的速度进化，较多地保留了原来的特征。
同时，“马鹿洞人”的发现，也佐证了东西方文化、人种、基因在早期就已有双向交流融合的说法，说明人类并不是在某一地区单独起源，是在不断迁徙、交融中演进形成。
