武汉市水域辽阔，鱼类、小水产和特种水生动物繁多，素称鱼米之乡。武汉市鱼类天然品种有136种，占长江水系种群之半数，常见的有乌鱼（俗称才鱼）、鲌鱼（俗称翘嘴鲌）、戴氏鲌、蒙古红鲌、红鳍鲌、鳡鱼、鳜鱼（俗称桂鱼）、鲥鱼、鮰鱼、银鱼、白鲟等。
养殖品种有11目22科88种，主要有青鱼、鲤鱼、鲩鱼、鲢鱼、鳙鱼（俗称胖头鱼）、鲫鱼（俗称喜头）、鲶鱼、鲴鱼、长春鳊、三角鲂、团头鲂、杂交鲤、乌鲤、黄尾刁、异育银鲫、尼罗罗非鱼、散镜鲤、荷花红鲤和黄鳝等。
小水产有乌龟、大龟、闭壳龟、脚鱼、鳝鱼、蚌、螺、虾、蟹和泥鳅等，多数为野生。80年代后，部分野生水产投入试养。
其他水生动物，主要指浮游动物和底栖动物，据1981年调查（不包括黄陂、新洲两县），浮游动物有39种，主要优势种有砂壳虫、栉毛虫、似铃壳虫、异尾轮虫、多肢轮虫、裂足轮虫、龟甲轮虫、剑水蚤和秀体蚤等；底栖动物有32种；肥水型水域以昆虫和寡毛类为主。草湖型以螺蚌软体动物为主，它们是鱼类的天然饵料，其数量对渔业产量有一定影响。
